Bối cảnh diễn ra 10 năm sau sự kiện *Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's*. Nanoha, Fate, Hayate và những người còn lại trong nhóm hiện đã làm việc toàn thời gian tại Cục Quản lý Không gian - Thời gian. Nanoha là một người hướng dẫn chiến đấu, Fate là một điều tra viên đặc biệt, còn Hayate là một sĩ quan chỉ huy.