Quê hương của Genesect không còn nữa. Sau ba trăm triệu năm, những ngọn núi tuyết nơi Pokemón Paleozoi từng sinh sống không còn thích hợp để sinh tồn nữa - nhưng không phải tất cả các chủng tộc đều thực sự tuyệt chủng. Một số mẫu vật vẫn còn sống và tuyệt vọng tìm một nơi mới để gọi là nhà. Được dẫn dắt bởi một Shinny Genesect và đi cùng với Pokemón huyền thoại Mewtwo, những sinh vật này lang thang đến Thành phố New York.
Nhận thấy đường chân trời của thành phố giống với môi trường sống ban đầu của chúng, Genesect chiếm lấy trung tâm thành phố, đánh đuổi các Pokemón khác và đe dọa sự tồn tại của người dân địa phương. Trên hết, thủ lĩnh Genesect đối đầu với Mewtwo trong một cuộc đấu tay đôi xảo quyệt, nhịp độ nhanh có thể phá hủy toàn bộ thành phố — và Satoshi cùng những người bạn đồng hành của anh ấy phải cứu thành phố và hòa giải các Pokemón thù địch.